说起奎福古寺其实还有一段故事。据说当时罗浮山有一修道高僧，云游四方找寻名山龙穴，从粤北粤西一带寻龙脉至均安星槎福岸，发现前有福海，近有龟山、蛇山等群峰环抱，确认此处为“龙穴”。于是就地募化建起奎福古寺。奎福古寺前临西江东水道，当时江面辽阔，波涛浩瀚，白帆点点，晨昏时分雾气弥漫江面，景色壮观。到了清朝时代，人们在奎福寺旁建起一座“烟波亭”，以观江面烟雾朦胧，帆影依稀，涛声频传之景。
随着历史的变迁，由于岁月沧桑，奎福寺曾几度重修。据古寺现存碑记载，第一次是清代乾隆十四年（1749年），第二次重修于1931年，由该寺住持僧禅发起重修烟波亭, 据清代遗老何惯廷所撰的重修碑："明年秋，又复重福海烟波亭，以保留一洲名胜"（该碑今仍保存在寺）。
上世纪六十年代时期，住寺和尚方德圆寂后，奎福古寺移作别用，由于疏于管理，古寺变成一片断垣瓦砾，满目荒夷。为使佛教有一个活动场所，经省市宗教部门批准，港澳侨胞、归国侨胞自发募捐，于1992年12月对奎福寺奠基重建。1994年初，首期工程竣工，宝刹重换新颜。首期工程古寺占地面积871平方米，建筑面积271平方米。
该寺正门横楣有"奎福古寺"四字刻在大条形花岗石上。寺为两进，首进礼祀韦陀像，二进正殿祀如来等佛像。寺后天然岩洞"观音岩"，深容百人。寺旁山腰建有烟波亭，上书"福海烟波"。
1997年底，投入60万元兴建的奎福古寺二期工程地王殿竣工。落成后的地王殿建筑面积285平方米。
